Eine von Neugierde getriebene theoretische Beschäftigung mit Musik ist wohl so alt wie die praktische Musikausübung selbst. Allein Instrumentenbau und die Auswahl bestimmter, als geeignet empfundener Tonsysteme aus einem akustischen Universum setzen planvolles Ausprobieren, aber auch ästhetische Entscheidungen voraus, die Weitergabe dieses Wissens pädagogische Kompetenz. Die mathematisch-akustischen Grundlagen der Musik einerseits, ihre unbestreitbar große Wirkung auf den Menschen andererseits führten zu musikphilosophischen Fragestellungen nach der Verbindung von Musik und Mensch, Musik und Welt, Musik und Universum. Gerade diese übergeordneten Fragen hatten im mittelalterlichen Universitätssystem einen prominenten Platz. Weniger interessierte dagegen vor dem 18. Jahrhundert die Beschäftigung mit vergangener, nicht mehr praktizierter Musik.

Im Sog des allgemeinen wissenschaftlichen Aufschwungs im 19. Jahrhundert konnte sich auch die Musikwissenschaft als akademische Disziplin erneut etablieren: einerseits ausgestattet mit philologischer Kompetenz, andererseits beflügelt vom Erfolg der Naturwissenschaften mit ihren empirisch-induktiven Verfahren, rückte sie dem musikkulturellen Erbe zu Leibe, erforschte und edierte dessen Quellen, lieferte dokumentarisch gesättigte Komponistenbiographien und versuchte sich an gesetzmäßigen Aussagen zu stilistischen Befunden. Die Universität Wien spielte in diesem Zusammenhang eine entscheidende Rolle: Mit der Habilitation des prominenten Musikkritikers Eduard Hanslick im Jahre 1856 befreite sich die Musikästhetik von spekulativ-hegelianischen Ansätzen, mit der Berufung seines Schülers Guido Adler im Jahre 1898 wurde die Grundlage für ein auf Quellenedition (in der bis heute bestehenden Reihe "Denkmäler der Tonkunst in Österreich") und Stilanalyse spezialisiertes Institut geschaffen, das sich als "Wiener Schule der Musikwissenschaft" ein internationales Renommee erwarb, das unter Adlers Nachfolgern Robert Lach (ab 1927) und Erich Schenk (ab 1940), die verschiedentlich in nationalsozialistische Ideologie und Universitätspolitik verstrickt waren, nicht aufrechterhalten werden konnte.

Nach dem Zweiten Weltkrieg setzte sich vor allem im deutschen Sprachraum eine Teilung des Faches in drei Subdisziplinen durch, die unterschiedliche Arbeitsbereiche, aber auch Methoden berücksichtigen: in eine Historische Musikwissenschaft (westliche Kunstmusik; historisch-philologische sowie hermeneutische Methoden), eine Ethnomusikologie (früher Vergleichende Musikwissenschaft bzw. Musikethnologie genannt; außereuropäische Musik, europäische Volksmusik; Feldforschung, vergleichende und sozialanthropologische Methode) und eine Systematische Musikwissenschaft (Akustik, Musiksoziologie, -ästhetik, Popularmusik; naturwissenschaftliche bzw. empirische Methoden). Neben den vier traditionsreichen musikwissenschaftlichen Instituten an Österreichs Universitäten (Wien, Graz, Innsbruck, Salzburg) etablierte sich eine Musikwissenschaft ab den 1960er Jahren auch an den Musikuniversitäten, sowohl an den öffentlichen wie auch zunehmend an den privaten, teilweise in kritischer Distanz zur dominierenden Historischen Musikwissenschaft an den großen Universitäten (vgl. etwa die Gründung der Institute für Wertungsforschung, Jazzforschung oder Aufführungspraxis an der Grazer Kunstuniversität).

Die letzten drei Jahrzehnte sind teilweise geprägt von einer grundsätzlichen Auseinandersetzung mit der Bestimmung des Faches. Eine entscheidende Rolle spielte dafür die in den USA beheimatete sogenannte "New Musicology", die die von den "cultural studies" generell in den Blick genommenen asymmetrischen Klassen-, Gender- oder ethnischen Verhältnisse auch in der Musikforschung bekämpfte. In der Folge wurde die Privilegierung westlicher Kunstmusik mit ihren Begleiterscheinungen (wie Meistergeschichte, Werkzentriertheit, Kanonfixierung, editorische Großunternehmungen) einer massiven Kritik unterzogen. Die kultur- und theaterwissenschaftliche Performanzforschung verschiebt zudem den in der Musikanalyse vorherrschenden Fokus vom Notentext auf konkrete Aufführungssituationen. Zudem werden die Abgrenzungen der drei Subdisziplinen mehr und mehr aufgeweicht: MusikhistorikerInnen bedienen sich auch ethnologischer Verfahren, die meist soziologisch verfahrende Popularmusikforschung stellt sich historischen Fragestellungen, die aktuelle künstlerische Forschung ("artistic" bzw. "arts based research") forciert eine Forschung in bzw. durch (und nicht über) Musik usw. Man kann also ohne Übertreibung von einer fast schon unübersichtlichen pluralistischen Situation sprechen, die als produktives Spannungsverhältnis erlebt werden kann, deren momentaner 'Burgfriede' aber auch von ausreichenden (öffentlichen) Ressourcen abhängt.